Los sustratos son material de origen orgánico o mineral que se agregan al suelo para mejorar las propiedades físicas o químicas. Los sustratos orgánicos más usados son: compost, mantillo, estiércoles, humus de lombriz, camas de ave, turba, pinocha, resaca de río, harina de hueso y cama de champiñón. Estos sustratos además de modificar las condiciones físicas (ya que ayudan a alivianar los suelos y mejoran la retención de agua y nutrientes), aportan nutrientes que optimizan las propiedades químicas del suelo. También pueden usarse sin temor de cometer excesos. Los sustratos de origen mineral más comúnmente usados son: leca, piedra partida, canto rodado, perlita, vermiculita, arena de río, carbón de leña e hidrogeles.